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如何计算蛋白长宽高

2月前浏览600

1、shell进行读取

代码如下:








#!/bin/sh#x轴grep ^ATOM $1 | awk ‘{print $7}’| sort -n |sed -n ‘1p;$p#y轴grep ^ATOM $1 | awk ‘{print $8}’| sort -n |sed -n ‘1p;$p#z轴grep ^ATOM $1 | awk ‘{print $9}’| sort -n |sed -n ‘1p;$p
   

2、利用python脚本进行读取计算

代码如下:
















#-*-coding:utf-8-*-x=[]y=[]z=[]for i in open('file.pdb','r'):    if i.startswith('ATOM'):        new=i.split()        x.append(float(new[6]))        y.append(float(new[7]))        z.append(float(new[8]))    else:        passprint('长:'+str(max(x)-min(x)))print('宽:'+str(max(y)-min(y)))print('高:'+str(max(z)-min(z)))
   

   

    
来源:模拟之家
pythonGROMACS
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首次发布时间:2024-09-08
最近编辑:2月前
刘十三613
博士 分子动力学、GROMACS
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