重水（D2O）的ITP文件制作

9天前浏览18

1、查找文献，找到重水的LJ参数以及电荷参数。

本案例参数来源这篇文献：

J. Chem. Phys. 114, 8064 (2001); https://doi.org/10.1063/1.1359183

里面给出了重水的参数：

注意这些参数的公式是否是和拟采用的力场公式一致。该文献的LJ参数公式如下：

和oplsaa力场一致，且参数单位也符合GROMACS默认单位，所以可以直接用。需要注意的是上面的LJ参数是O-O之间的。一般来说H-H之间的LJ参数都是0.

2、制作重水的ITP

从oplsaa.ff文件夹里拷贝一份spc.itp文件，并重命名为spc_HW.itp，把type、atom、charge更改为下面所示。charge即为上述文献中的值。

[ atoms ];   nr   type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass     1  opls_116D   1    SOL     OD      1      -0.870     2  opls_117D   1    SOL    DW1      1       0.435     3  opls_117D   1    SOL    DW2      1       0.435

其他不变。

3、更改ffnonbonded.itp文件

在ffnonbonded.itp文件末尾加入如下原子类型，注意重水的D质量为2.01410。

opls_116D   OD  8     15.99940    -0.870       A    3.71200e-01  3.42800e-01opls_117D   DW  1      2.01410     0.435       A    0.00000e+00  0.00000e+00

4、模拟时候在top里面调用更改后的spc_HW.itp和oplsaa.ff力场即可。添加的gro文件依然使用spc的gro（spc216.gro）。

注意:模拟时候会有原子名不匹配的警告，忽略即可。

来源：模拟之家

GROMACS

著作权归作者所有，欢迎分享，未经许可，不得转载

首次发布时间：2024-09-08

分子动力学原理及其应用入门—以GROMACS为例

免费

还没有评论

重水（D2O）的ITP文件制作

1、 查找文献，找到重水的LJ参数以及电荷参数。

2、 制作重水的ITP

3、 更改ffnonbonded.itp文件

4、 模拟时候在top里面调用更改后的spc_HW.itp和oplsaa.ff力场即可。添加的gro文件依然使用spc的gro（spc216.gro）。

分子动力学原理及其应用入门—以GROMACS为例

1、查找文献，找到重水的LJ参数以及电荷参数。

2、制作重水的ITP

3、更改ffnonbonded.itp文件

4、模拟时候在top里面调用更改后的spc_HW.itp和oplsaa.ff力场即可。添加的gro文件依然使用spc的gro（spc216.gro）。