在动力学模拟蛋白、多肽过程中,有时候需要模拟某个氨基酸位点突变的情况。下面简单的方法对氨基酸进行突变,即使用WHAT IF服务器。此方法不用安装任何软件,直接在线操作就行,简单方便。
1、找到pdb文件中需要突变的氨基酸序号。如下案例是把3htb蛋白的10号氨基酸ASP进行突变。
2、打开WHAT IF服务器,依次点击mutation prediction -> Mutate a residue
5、文本编辑器打开新的pdb文件,检查其是否突变正确,或使用VMD直接查看结构是否是合理的。