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对氨基酸进行突变的简单方法

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在动力学模拟蛋白、多肽过程中,有时候需要模拟某个氨基酸位点突变的情况。下面简单的方法对氨基酸进行突变,即使用WHAT IF服务器此方法不用安装任何软件,直接在线操作就行,简单方便。


1、找到pdb文件中需要突变的氨基酸序号。如下案例是把3htb蛋白的10号氨基酸ASP进行突变。


2、打开WHAT IF服务器,依次点击mutation prediction -> Mutate a residue


3、上传原始pdb文件,并在The residue number处输入需要突变的氨基酸序号,即10。然后在New residue type处选中突变之后的氨基酸,点击send。    


4、网页计算完成,会提示下载页面,下载即可。    


5、文本编辑器打开新的pdb文件,检查其是否突变正确,或使用VMD直接查看结构是否是合理的。

来源:模拟之家
UMGROMACS
著作权归作者所有,欢迎分享,未经许可,不得转载
首次发布时间:2024-09-08
最近编辑:3月前
刘十三613
博士 分子动力学、GROMACS
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