GROMACS如何处理二硫键

什么是二硫键

二硫键（disulfide bond） 是连接不同肽链或同一肽链中，两个不同半胱氨酸残基的巯基的化学键。二硫键是比较稳定的共价键，在蛋白质分子中，起着稳定肽链空间结构的作用。二硫键数目越多，蛋白质分子对抗外界因素影响的稳定性就愈大。二硫键是蛋白质二级结构和三级结构的重要组成部分。此键在蛋白质分子的立体结构形成上起着一定的重要作用。

如何处理二硫键

在运行pdb2gmx时候，添加 -ss 从而交互式地选择是否添加二硫键：

gmx pdb2gmx -f O.pdb -ff amber99s b -ignh -o O.gro -ss

如果需要为这两个残基添加二硫键则输入y之后回车。若有多个二硫键，会依次提示，然后决定是否添加二硫键。

检查是否添加或者添加正确位置（非必须）

如果只有一个二硫键，那么肯定会添加成功的。如果有多个二硫键，且选择了某些不添加，那么应该检查一下，是否添加在正确的氨基酸上面。

用熟悉的可视化软件打开pdb2gmx命令生成的gro，找到二硫键两个S的编号（这里使用gaussview）：

这两个二硫键编号是24和99，然后去top/itp文件里面bond部分看是否添加上：