二级结构分析DSSP安装

GROMACS程序调用第三方软件DSSP，从轨迹文件中读出蛋白质的二级结构信息。要使用该程序，必先安装好DSSP软件。不过目前DSSP网站有时候打不开，该软件可以在“模拟之家”（709020941）QQ群文件获取。

文件名字为：dssp-3.0.10.tar

获取文件之后，放在linux系统里使用下面命令解压：

tar -xf dssp-3.0.10.tar

得到dssp-3.0.10目录，里面包含四个文件，如下：

使用超级管理员账号把文件夹中四个文件拷贝到如下目录即可使用：

/usr/local/bin

若没有超级管理员账号，可在shell中定义DSSP变量：

    export DSSP='/***/dssp-3.0.10/dssp'

***为下载的dssp目录

即可使用GROMACS命令进行二级结构分析，示例命令如下：

gmx do_dssp -f md.xtc -s md.tpr -o sec.xpm -ssdump