生成小分子力场TOP（ITP）文件(五)：生成UFF力场

目前，在线生成UFF力场的网址已经不能访问，但是官方提供了一个离线版的obgmx程序可以使用。此离线版程序obgmx需要搭建openbabel环境。下面为大家讲解安装方法以及使用方法。

1. 安装openbabel

Centos直接可以使用命令安装：

yum -y install openbabel

若安装失败，可以自己编译安装。

上传至linux，然后使用下面命令解压以及安装（需在超级管理员权限下）：

tar  -jxvf  openbabel-3.1.1-source.tar.bz2cd  openbabel-3.1.1/mkdir  buildcd  build/cmake  ..makemake  install

编译完成之后，输入：obabel  --help 回车查看是否编译好，如下图所示即编译完成。

2. 安装obgmx

在“模拟之家”QQ群（709020941）文件下载“obgmx.tar.bz2”源文件。

然后使用下面命令解压以及安装（需在超级管理员权限下）：

tar -xjf obgmx.tar.bz2

会生成如下图所示文件：

使用下面命令建立一个文件夹，然后拷贝解压的share文件夹到新建的里面去。

mkdir /usr/local/ob-gg-232mv ./share /usr/local/ob-gg-232

然后把obgmx文件拷贝到下面所示目录里：

cp  obgmx   /usr/local/bin/

然后在终端输入：obgmx回车，若出现下图所示，即安装完成：

3. 使用obgmx

Obgmx识别mol2文件，所以若得到的是pdb文件，可以用MS、GaussView等转成mol2文件，因为mol2文件里面含有成键信息，obgmx读取之后生成成键参数。然后使用下面命令生成分子的itp、top等文件：

obgmx   test.mol2

然后当前目录下会生成如下文件：

4. 生成电荷

打开obgmx.itp可以看出，其电荷均为0.

所以，我们需要单独对该分子生成电荷，如果是非常大的周期性体系，可以取出一个小的单胞生成电荷，然后扩充。生成电荷的方法有很多，网上可以找到一大堆，下面推荐一个合理的方法，见下述链接，这里不再过多陈诉。生成电荷之后，直接使用notepad++的列复 制功能，复 制到obgmx.itp对应的列里面即可。