Gromacs-2023的CPU+GPU版安装方法
2023年，Gromacs推出了2023版本，其相较于以前的版本有了较大的更新，以及修复了很多bug。主要亮点如下：
1. 全局通信频率不再依赖于nstlist,因此GPU加速提升
2. PME分解已经可以支持到CUDA后端，即可以设置-npme和环境变量GMX GPU_PME DECOMPOSITION，实验性质谨慎使用
3. CUDA Graphs能够降低GPU的启动时间，较少CPU和GPU之间的调度开销。设置环境变量GMX CUDA GRAPH可开启该功能
4. gmx do_dssp不需要外部dssp程序了，GMX已经内置的该程序
5. gmx api的一些改进
最重要的一点为分析蛋白二级结构的功能gmx do_dssp不需要外部dssp程序了。
下面介绍该版本的安装方法：
1. 环境配置
安装2023版本需要gcc、g++版本为9.0以上，可根据自己机器环境自行安装。
2. 需要CMake版本3.18.4或更高版本
在http://www.cmake.org/cmake/resources/software.html下载cmake包，然后解压，进入其目录，运行
--prefix=/yourpath/cmake -- -DCMAKE_USE_OPENSSL=OFFmake -jmake install
该软件即被安装在了/yourpath/cmake目录（更换为自己的安装路径）。在~/.bashrc里加入
export PATH=$PATH/yourpath/cmake/bin重新进入终端后，即可使用。
3. 安装FFTW（此步可省略）
在http://www.fftw.org下载最新fftw安装包。
解压，进入目录后运行：
./configure --prefix=/yourpath/fftw --enable-sse2 --enable-avx --enable-float --enable-sharedmake install -j
该软件即被安装在了/yourpath/fftw目录。如果CPU相对较新，支持AVX2指令集，可再加上--enable-avx2选项以获得更好性能。
4. 安装GROMACS-2023的CPU版本
在下面的网址下载2023版本的gromacs：
https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2023.tar.gz
解压软件：
tar -zxvf gromacs-2023.tar.gz进入gromacs-2023目录后，依次运行下面命令：
mkdir buildcd buildexport CMAKE_PREFIX_PATH=/yourpath/fftw #手动安装fftw时候需要指定cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/yourpath/gromacs-2023make -jmake install -j
安装完成之后打开~/.bashrc文件，在末尾加入
source /yourpath/gromacs-2023/bin/GMXRC，然后保存，重启中断即可使用。
上诉fftw可以不用手动安装，可以让gromacs自动下载编译，仅需在cmake命令额外添加下面一项参数即可：
-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON5. 安装GROMACS-2023的GPU版本（CUDA）
自行安装好显卡驱动以及CUDA toolkit之后，仅需在cmake命令额外添加下面一项参数即可：
-DGMX_GPU=CUDA -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda注：若cuda不是安装在/usr/local/cuda，需要自行更改路径为cuda路径，可使用 which nvcc 命令查看具体路径。
