所有原子的LJ参数

2月前浏览1222

在做分子动力学模拟的时候，对于元素周期表靠后的一些原子，GROMACS和大部分生成ITP文件的软件或方法均不能支持。需要用户手动去设置一些参数，其中最重要的是原子的LJ参数，即：sigma和epsilon。下表列出了元素周期表上大部分原子的LJ参数，以方便大家查阅：

注意：cutoff和sigma的单位是：Angstroms，epsilon的单位是Electron Volts，需要自行换算为GROMACS的单位制。

#Species_i # Species_j   # cutoff        # epsilon       # sigmaH H             2.2094300       4.4778900       0.5523570He He            1.9956100       0.0009421       0.4989030Li Li            9.1228000       1.0496900       2.2807000Be Be            6.8421000       0.5729420       1.7105300B B             6.0581100       2.9670300       1.5145300C C             5.4166600       6.3695300       1.3541700N N             5.0603000       9.7537900       1.2650800O O             4.7039500       5.1264700       1.1759900F F             4.0625000       1.6059200       1.0156200Ne Ne            4.1337700       0.0036471       1.0334400Na Na            11.8311000      0.7367450       2.9577800Mg Mg            10.0493000      0.0785788       2.5123300Al Al            8.6239000       2.7006700       2.1559700Si Si            7.9111800       3.1743100       1.9778000P P             7.6260900       5.0305000       1.9065200S S             7.4835500       4.3692700       1.8708900Cl Cl            7.2697300       4.4832800       1.8174300Ar Ar            7.5548200       0.0123529       1.8887100K K             14.4682000      0.5517990       3.6170500Ca Ca            12.5439000      0.1326790       3.1359600Sc Sc            12.1162000      1.6508000       3.0290600Ti Ti            11.4035000      1.1802700       2.8508800V V             10.9046000      2.7524900       2.7261500Cr Cr            9.9067900       1.5367900       2.4767000Mn Mn            9.9067900       0.5998880       2.4767000Fe Fe            9.4078900       1.1844200       2.3519700Co Co            8.9802600       1.2776900       2.2450600Ni Ni            8.8377200       2.0757200       2.2094300Cu Cu            9.4078900       2.0446300       2.3519700Zn Zn            8.6951700       0.1915460       2.1737900Ga Ga            8.6951700       1.0642000       2.1737900Ge Ge            8.5526300       2.7017100       2.1381600As As            8.4813600       3.9599000       2.1203400Se Se            8.5526300       3.3867700       2.1381600Br Br            8.5526300       1.9706300       2.1381600Kr Kr            8.2675400       0.0173276       2.0668900Rb Rb            15.6798000      0.4682650       3.9199500Sr Sr            13.8980000      0.1339230       3.4745100Y Y             13.5417000      2.7597500       3.3854200Zr Zr            12.4726000      3.0520100       3.1181500Nb Nb            11.6886000      5.2782000       2.9221500Mo Mo            10.9759000      4.4749900       2.7439700Tc Tc            10.4770000      3.3815900       2.6192400Ru Ru            10.4057000      1.9617200       2.6014200Rh Rh            10.1206000      2.4058200       2.5301500Pd Pd            9.9067900       1.3709700       2.4767000Ag Ag            10.3344000      1.6497600       2.5836100Cd Cd            10.2632000      0.0377447       2.5657900In In            10.1206000      0.8113140       2.5301500Sn Sn            9.9067900       1.9005700       2.4767000Sb Sb            9.9067900       3.0882800       2.4767000Te Te            9.8355200       2.6312300       2.4588800I I             9.9067900       1.5393800       2.4767000Xe Xe            9.9780700       0.0238880       2.4945200Cs Cs            17.3903000      0.4166420       4.3475900Ba Ba            15.3235000      1.9000000       3.8308600La La            14.7533000      2.4996100       3.6883200Ce Ce            14.5395000      2.5700800       3.6348700Pr Pr            14.4682000      1.2994600       3.6170500Nd Nd            14.3257000      0.8196050       3.5814100Pm Pm            14.1831000      3.2413400       3.5457800Sm Sm            14.1118000      0.5211220       3.5279600Eu Eu            14.1118000      0.4299180       3.5279600Gd Gd            13.9693000      2.0995600       3.4923200Tb Tb            13.8267000      1.3999900       3.4566900Dy Dy            13.6842000      0.6900550       3.4210500Ho Ho            13.6842000      0.6900550       3.4210500Er Er            13.4704000      0.7387660       3.3676000Tm Tm            13.5417000      0.5211220       3.3854200Yb Yb            13.3278000      0.1303990       3.3319600Lu Lu            13.3278000      1.4331500       3.3319600Hf Hf            12.4726000      3.3608600       3.1181500Ta Ta            12.1162000      4.0034300       3.0290600W W             11.5460000      6.8638900       2.8865100Re Re            10.7621000      4.4387100       2.6905100Os Os            10.2632000      4.2625300       2.5657900Ir Ir            10.0493000      3.7028700       2.5123300Pt Pt            9.6929800       3.1401000       2.4232400Au Au            9.6929800       2.3058000       2.4232400Hg Hg            9.4078900       0.0454140       2.3519700Tl Tl            10.3344000      0.5770870       2.5836100Pb Pb            10.4057000      0.8589880       2.6014200Bi Bi            10.5482000      2.0798700       2.6370600Po Po            9.9780700       1.8995300       2.4945200At At            10.6908000      1.3854420       2.6727000Rn Rn            10.6908000      0.0214992       2.6727000Fr Fr            18.5307000      0.3749778       4.6326700Ra Ra            15.7511000      1.7100000       3.9377700Ac Ac            15.3235000      2.2496490       3.8308600Th Th            14.6820000      2.3130720       3.6705000Pa Pa            14.2544000      1.1695140       3.5635900U U             13.9693000      0.7376445       3.4923200Np Np            13.5417000      2.9172060       3.3854200Pu Pu            13.3278000      0.4690098       3.3319600Am Am            12.8289000      0.3869262       3.2072400Cm Cm            12.0450000      1.8896040       3.0112400Bk Bk            11.9737000      1.2599910       2.9934200Cf Cf            11.9737000      0.6210495       2.9934200Es Es            11.7599000      0.6210495       2.9399700Fm Fm            11.9024000      0.6648894       2.9756000Md Md            12.3300000      0.4690098       3.0825100No No            12.5439000      0.1173591       3.1359600Lr Lr            11.4748000      1.2898350       2.8686900Rf Rf            11.1897000      3.0247740       2.7974200Db Db            10.6195000      3.6030870       2.6548800Sg Sg            10.1919000      6.1775010       2.5479700Bh Bh            10.0493000      3.9948390       2.5123300Hs Hs            9.5504300       3.8362770       2.3876100Mt Mt            9.1940700       3.3325830       2.2985200Ds Ds            9.1228000       2.8260900       2.2807000Rg Rg            8.6239000       2.0752200       2.1559700Cn Cn            8.6951700       0.0408726       2.1737900Nh Nh            9.6929800       0.5193783       2.4232400Fl Fl            10.1919000      0.7730892       2.5479700Mc Mc            11.5460000      1.8718830       2.8865100Lv Lv            12.4726000      1.7095770       3.1181500Ts Ts            11.7599000      1.2468978       2.9399700Og Og            11.1897000      0.0193493       2.7974200

如果使用了上述的参数，需引用下面的参考文献：

Elliott RS. Efficient ’universal’ shifted Lennard-Jones model for all KIM API supported species developed by Elliott and Akerson (2015) v003. OpenKIM; 2018

来源：模拟之家