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基于MS对界面聚合分子动力学模拟:哌嗪 /芳酰胺纤维

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关键词:

Materials Studio,分子动力学模拟,均方位移,界面聚合

通过界面聚合制备纳滤膜的方法广泛应用与膜分离技术领域。该篇工作通过研究PIP单体在水中和PIP在PPTA水和中扩散的分子动力学模拟。首先构建了含PIP单体的水模拟盒子,在此基础上构建了PIP单体的PPTA-水凝胶模拟盒子,通过MSD曲线分析PPI纯水体系和PPI-水凝胶体系中迁移速率。



DOI: 10.1039/c9ta12984g

以下内容分步骤对文献模拟过程进行分析:

1、建立基础模型

构建PIP、PPTA、H2O分子模型,如图1所示。




图1 不同物质的分子结构模型

2、构建Amorphous cell模型

利用Materials Studio (MS)中的Amorphous cell模块,在COMMPASSII力场条件下构建两个模型:(1)模型包含10个PIP分子和320个水分子;(2)10个PIP分子、40个TBP分子、1个含2重复单元PPTA。



(a) (b)

图1 两个模型(a:PPI)(b:PPI-PPTA)




(a)(b)(c)

图2 两个模型的AC参数(a:PPI)(b:PPI-PPTA)(c:模型参数)

2、模型结构优化

使用Forcite 模块对上述混合有机相模型分别进行结构优化,使其达到最佳的模型结构和稳定的能量体系。模型参数如图3所示。收敛和能量数据如图5所示。



图3两个模型的Forcite 模型参数



(a)



(b)

图4 模型的收敛以及能量数据(a:PPI)(b:PPI-PPTA)

3、动力学优化

对上述结构优化后的模型继续进行动力学优化。

1. NVT模式下100ps。

动力学参数如图5所示,动力学计算结果如图6所示。



图5 动力学优化参数



(a)



图6 计算平衡后的能量和温度数据(a:PPI)(b:PPI-PPTA)

2.NPT模式下100ps

动力学参数如图7所示,动力学计算结果如图8所示。



图7 动力学优化参数



(a)



图8 计算平衡后的能量和密度数据(a:PPI)(b:PPI-PPTA)

3. NVT模式下100ps。

动力学参数如图9所示,动力学计算结果如图10所示。



图9 动力学优化参数



(a)



(b)

图10 计算平衡后的能量和温度数据(a:PPI)(b:PPI-PPTA)

4、均方位移(MSD)计算

对上述优化后的模型进行MSD计算。模型及设置面板如下图11所示。结果数据如图12所示。



(a)



(b)

图8 优化后模型及MSD参数(a:PPI)(b:PPI-PPTA(PPI-2))



图9 MSD结果(a:PPI)(b:PPI-PPTA(PPI-2))



来源:320科技工作室
分子动力学
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首次发布时间:2024-07-24
最近编辑:3月前
320科技工作室
硕士 | 结构工程师 lammps/ms/vasp/
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