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每日推荐 | AI与分子动力学最新研究进展

3月前浏览4487

文一:

 

利用高通量分子动力学模拟和机器学习预测非局部弹性参数


摘要:


高阶弹性理论能够在纳米尺度上模拟力学。然而,这些理论具有长度尺度参数,需要通过实验或分子动力学(MD)模拟进行评估。在目前的文献中,这些长度尺度参数被假设为所选材料的常数。然而,事实并非如此,正如本文通过一组对各种边值问题(BVP)的高通量MD模拟所示。对于碳和氮化硼纳米管,发现修正应变梯度理论中的长度尺度参数随着绝对尺寸、BVP类型和变形水平而变化。这种复杂的依赖关系使得长度尺度参数𝑙0的预测具有挑战性。为了解决这个问题,这里开发了一个基于监督机器学习(ML)的框架。在这个新框架中,MD、连续体公式和ML被串联使用,以预测给定材料、尺寸和边界条件的长度尺度参数。这是一个三步走的过程。首先,针对不同的手性、长度和边界条件进行了多次MD模拟。然后,使用连续体公式中的这些MD输出找到𝑙0的值。最后,使用基于ML的回归模型来捕捉𝑙0的可变性,并随后预测其在任何手性、长度和边界条件下的值。这里使用了三种回归模型——高斯过程回归、支持向量机和神经网络——来进行预测。这种预测工具消除了对昂贵的MD模拟进行进一步连续尺度分析的需要。在更广泛的背景下,这种新颖的三步框架为将非经典连续体理论应用于纳米尺度力学问题打开了一扇准确而廉价的大门。精度由MD模拟决定,而计算成本的降低是通过机器学习实现的。


 

图:具有(5,5)手性和10nm长度的CNT的原子表示。


 

图:本研究所用方法的框架。


文二:

 

人工智能辅助序列有序高本征导热聚合物的逆向设计


摘要:


人工智能(AI)将聚合物设计范式从传统的试错方法推广到数据驱动的风格。实现本征聚合物的高导热性(TC)迫在眉睫,因为它们在微电子器件和集成电路等许多工业应用的热管理中具有重要意义。在这项工作中,我们提出了一种强大的人工智能辅助工作流程,用于高TC聚合物的逆向设计。通过使用1144种具有已知计算TC的聚合物,我们构建了一个用于TC预测的替代深度神经网络模型,并提取了一个包含32个序列的聚合物单元库。采用统一非支配排序遗传算法III(U-NSGA-III)和q噪声期望超体积改进(qNEHVI)这两种最先进的多目标优化算法,用于具有高TC和合成可能性的序列有序聚合物设计。对于三嵌段聚合物设计,结果表明qNHEVI能够在帕累托前沿探索多种最佳聚合物,但准蒙特卡洛抽样的不确定性使试验成本高昂。U-NSGA-III的性能受到初始随机结构的影响,通常会陷入局部最优解,但需要更少的尝试和更低的成本。进行了20次平行的U-NSGA-III运行,以设计具有高TC的五嵌段聚合物,1921种生成的聚合物中有一半达到了目标(TC>0.4 W m−1K−1和SA<3.0)。最终,我们通过分子动力学模拟检查了50种有前景的聚合物的TC,并揭示了微观结构和TC之间的内在联系。我们开发的聚合物人工智能辅助逆向设计方法灵活且通用,可以扩展到具有其他目标性能的聚合物的设计。


 

图:顺序控制高导热聚合物的设计方案。(a) ML模型训练和聚合物单元库生成。(b) 高TC聚合物的逆向设计。

 

图:ML模型性能和特征重要性评估。(a) DNN的ML结果。(b) 通过SHAP评估对TC预测的DNN模型的解释。(c) 作用于TC的关键子结构,其中蓝色文本表示积极作用,红色文本表示抑制作用。

 

图:多目标优化算法的评估。(a) 以及(b)MOEA和MOBA单次运行的优化轨迹,具有10个随机初始结构和200次迭代×每批10个候选。(c) 以及(d)分别针对MOEA和MOBA的20次运行的目标空间中的概率密度图。

 

图:高TC五嵌段聚合物的设计。(a)20次MOEA优化运行的学习曲线,使用10种不同的初始结构,每批200次迭代×10个候选。(b) 通过20次MOEA优化运行生成的聚合物集 合。(c) 以及(d)通过20次MOEA运行获得的1921种非重复聚合物的TC和SA分布。(e) 以及(f)通过MOBO运行获得的2005种非重复聚合物的TC和SA分布,该运行具有10种不同的初始结构,每批200次迭代×10个候选物质。


文三:

 

机器学习预示着分子动力学模拟的新发展阶段


摘要:


分子动力学(MD)模拟是一种关键的计算化学技术,它提供了对所研究系统中潜在原子级过程的动态洞察。这些见解不仅提高了我们对分子世界的理解,而且有助于设计实验和有针对性的干预措施。目前,MD存在几个局限性,其中最重要的是:采样不足、原子模型精度不足,以及对获得的轨迹进行适当分析和解释的挑战。尽管已经做出了许多努力来解决这些局限性,但仍然需要更有效的解决方案。人工智能,特别是机器学习(ML)的最新发展为应对MD的挑战提供了令人兴奋的机会。在这篇综述中,我们的目的是让读者熟悉MD的基础知识,同时强调其局限性。主要重点是探索深度学习与MD模拟的集成。机器学习所取得的进步被系统地列出,包括基于机器学习的测力仪的开发、改进信息空间采样的技术以及轨迹分析的创新方法。此外,还讨论了与机器学习和人工智能集成相关的挑战和影响。虽然ML-MD融合的潜力已经明确,但还需要进一步的应用来证实其优于传统方法。对机器学习开辟的MD新视角的全面概述,是对MD发展激动人心阶段的温和介绍。


 

图:分子动力学模拟技术的三大挑战:(i)力场的不精确性导致系统误差,(ii)有限的计算能力导致统计误差,(iii)高维轨迹的解释。

 

图:用于建造测力桩的元素图示。键合项:代表共价键合原子的键,解释每个键合原子三重态之间弯曲能量的角度,描述四个顺序键合原子扭转能量的二重线,以及涉及中心原子连接到三个外围原子的不适当二重线。

 

图:概述了为改进MD模拟中可用构象空间的采样而开发的一些技术。

 

图:精选的、更复杂的深度学习架构。A生成对抗网络(GAN)、B自编码器(AE)、C变分自编码器(VAE)、D变换器、E图神经网络(GNN)。

 

图:分子动力学(MD)中机器学习(ML)的挑战、局限性和影响。其中一个局限性是模型训练的计算能力不足,使得ML势只适用于小系统。此外,结果的质量不能也不应超过输入数据的质量。同时,ML可以帮助进行结构改进、MD模拟(增强和自适应采样以及ML力场构建)和MD轨迹分析。


来源:STEM与计算机方法

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首次发布时间:2024-07-28
最近编辑:3月前
江野
博士 等春风得意,等时间嘉许。
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