在单分子水平上施加力和扭矩已经改变了我们对生物分子动力学特性的理解，但是由于产量有限，稀有中间体仍然难以表征。在这里，我们描述了一种方法，该方法通过拓扑控制在力谱测量的吞吐量方面提供了100倍的改进，该方法可以实现50,000个单分子的常规成像和1亿个并行反应周期。这种改进使得能够检测电池生命周期中的罕见事件。作为演示，我们表征了拓扑异构酶的超螺旋动力学和药物诱导的DNA断裂中间体。为了快速量化动态行为和罕见事件的不同类别，我们开发了具有自动功能分类管道的软件平台。该方法和软件可以很容易地适用于各种复杂的多步酶促途径的研究，其中稀有中间体由于产量有限而无法通过分类。