本课适合哪些人学习：

课程目标：进一步了解GROMACS相关知识

适用人群：在分子动力学模拟方面零基础、想进一步提升自己的模拟技术

进群分享交流，非诚勿扰，QQ群：709020941(模拟之家-SimuHome) 备注：仿真秀

你会得到什么：

GROMACS是用于研究生物、化学、物理等学科中分子微观机理的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子，进行分子能量的最小化，分析构象等。

它的模拟程序包含GROMACS力场、AMBER力场等诸多力场，研究的范围可以包括玻璃和液晶、聚合物、晶体、界面体系和生物分子溶液(蛋白质、核苷酸、糖等)。GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件，其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。

该课程拟在为从事上诉科研领域人员提供GROMACS软件专业培训，提高相关人员的技术水平。

无论您前期是否接触过此软件，均可通过此次培训更加熟练的运用本领域的计算仿真。

该课程通过由易到难的知识讲解，让您对GROMACS软件使用有一个全面系统的学习，更好的补充您在自学中忽略的知识内容。

课程介绍：

GROMACS的pdb2gmx程序可以根据输入的坐标文件产生拓扑文件,但是如果体系中有其不能识别的残基名字，那么就会报错，不能生成itp文件。

这种情况一般来说是如下原因造成：

1） 在某个蛋白里面某个氨基酸不是标准氨基酸

2） 突变后的氨基酸

3） 在蛋白某个位点接了其他分子

4） 高分子体系，单个单元不能识别情况

5） 其他不能被pdb2gmx程序识别的情况

针对上诉情况，我们不可能把这个残基单独拿出来做itp文件。因为它和蛋白是一个整体，所以我们的使用一些方法使得pdb2gmx程序能够识别上诉残基。

本专题所讲内容即可解决上诉问题。

另外通过用上诉方法构建高分子链的itp为例，详细介绍了高分子链的模型的构建

目录：

第一节：残基数据库的文件介绍

第二节：蛋白中的非标准残基处理

第三节：如何生成高分子的ITP/TOP文件

本视频课程为付费用户提供VIP交流群和知识圈答疑，欢迎订阅用户联系仿真秀官方客服加入VIP群。讲师会根据用户交流和需要酌情加餐录制视频教程和直播等。

讲师刘十三博士，具有十多年的物理、化学、生物等学科的计算机模拟经验。  精通常见的分子动力学模拟软件：GROMACS, LAMMPS等，量子化学计算软件：Gaussian；熟练使用第一性原理模拟软件：VASP等，及其余常见软件：Material Studio，VMD等；熟悉Linux环境编程，熟练使用Python，Shell等编程语言；丰富的模拟知识授课经验；具备扎实的分子动力学等理论知识。具有几十次的分子动力学模拟模拟理论、专业技术讲授经验，已为全国相关领域的诸多研究生、老师授课，使其熟练掌握了分子模拟知识和技术。

购买注意事项：

1、课程相关模型资料请在附件直接下载，如果 遇到麻烦请联系仿真秀客服更新，所有订阅 用户可以申请加入讲师订阅用户交流群，另外讲师提供知识圈答疑服务，针对课程有关问题可以公开或私密答疑。

2、请大家不要在苹果手机/电脑（IOS系统）充值秀币购买，以免给自己带来不必要的麻烦，推荐在仿真秀官网购买（微 信或支付宝购买），购买后，支持在苹果手机和电脑观看。