GROMACS分子模拟专题二：含有金属配体的蛋白建模和模拟仿真

本课适合哪些人学习：

课程目标：进一步了解GROMACS相关知识

适用人群：在分子动力学模拟方面零基础、想进一步提升自己的模拟技术

你会得到什么：

GROMACS是用于研究生物、化学、物理等学科中分子微观机理的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子，进行分子能量的最小化，分析构象等。

它的模拟程序包含GROMACS力场、AMBER力场等诸多力场，研究的范围可以包括玻璃和液晶、聚合物、晶体、界面体系和生物分子溶液(蛋白质、核苷酸、糖等)。GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件，其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。

课程介绍：

第一节：处理金属离子的模拟参数，生成蛋白-金属离子的仿真盒子

第二节：金属离子和蛋白没有任何成键作用，不用考虑模拟过程离子是否偏离结合位点的模拟

第三节：金属离子和蛋白最近的氨基酸有键连关系的模拟

第四节：离子和蛋白没有任何成键作用，但是要使金属离子位点一直在结合位点的模拟

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讲师刘十三博士，具有十多年的物理、化学、生物等学科的计算机模拟经验。  精通常见的分子动力学模拟软件：GROMACS, LAMMPS等，量子化学计算软件：Gaussian；熟练使用第一性原理模拟软件：VASP等，及其余常见软件：Material Studio，VMD等；熟悉Linux环境编程，熟练使用Python，Shell等编程语言；丰富的模拟知识授课经验；具备扎实的分子动力学等理论知识。具有几十次的分子动力学模拟模拟理论、专业技术讲授经验，已为全国相关领域的诸多研究生、老师授课，使其熟练掌握了分子模拟知识和技术。

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