GROMACS分子模拟入门常见问题解答

本课适合哪些人学习：

1、理工学学子和高校教师；

2、化学、生物、物理科研工作者

3、分子动力学模拟兴趣爱好者和应用者

4、GROMACS仿真软件用户和兴趣爱好者

你会得到什么：

GROMACS是用于研究生物、化学、物理等学科中分子微观机理的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子，进行分子能量的最小化，分析构象等。它的模拟程序包含GROMACS力场、AMBER力场等诸多力场，研究的范围可以包括玻璃和液晶、聚合物、晶体、界面体系和生物分子溶液(蛋白质、核苷酸、糖等)。GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件，其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。

专业答疑：刘老师坐镇，为您的每一个疑问提供详尽解答。

现场互动：不仅可以提前提交问题，还有机会现场连线，与专家面对面交流。

问题准备：每位参与者可以准备2-3个问题，进行答疑。

课程介绍：

GROMACS是一个开源、自由、免费的分子动力学模拟和能量最小化的计算引擎，广泛用于研究分子的运动和相互作用。它基于牛顿力学和经典物理学原理，通过数值积分来模拟粒子的运动。GROMACS使用基于网格的方法进行模拟，将模拟系统划分为许多小体积的网格单元，每个网格单元内的原子被视为一个质点，并通过相互作用势能进行相互作用。

2024年8月29日20时，仿真秀优秀讲师刘十三613老师，将针对GROMACS分子动力学模拟常见问题进行第一期直播答疑。帮助学习者更快，更加高效的学GROMACS软件和应用。感兴趣的朋友可分享到朋友圈和收藏。

一、答疑嘉宾介绍

刘十三  仿真秀优秀讲师，资深分子模拟专家，拥有丰富的分子模拟专业知识和科学研究经验，长期从事该领域重大项目研究，具有深厚的技术底蕴和专业背景

二、答疑范围

1. **软件安装与配置**：

2. **基本操作指导**：

3. **设置GROMACS参数**：

4. **GROMACS力场和拓扑文件**：

5. **模拟结果分析**：

6. **常见问题解决**：

7. **编程和脚本编写**：

8. **实验设计和方法论**：

9. **可视化软件作图指导**

三、本期用户提交的问题

1.我们主要是做聚合物的，现在qromacs模拟用windows还是Linux?我们觉得windows挺方便。

2.gm/mm这种模拟是不是更准确呢?

3.我们是做材料的，gromacs做材料模拟比lammps是不是点?

4.gromacs能做反应力场模拟吗?

5、聚合物做基体，小分子做填充物，这样的体系怎么构建比较合适(还是说要结合实验)?如果结合实验，又该怎么去确定模拟体系里基体和填充物的比例?

6.这种复合材料的拉伸模拟在gromacs里是如何实现的?

7.如何在Windows系统下安装GROMACS?

8.GROMACS编译时提示找不到CMAKE怎?

9.gcc版本过低导致编译GROMACS时出错，如何更新gcc版本?

10.编译GROMACS时出现内存被填满的问题，如何通过建立swap分区解决?

11.如何在GROMACS中调用脚本?

12.GROMACS模拟过程中出现能量不稳定，应如何处理?

13.如何判GROMACS模拟是否达到了平衡状态?

14.在GROMACS模拟中如何处理蛋白-配体复合物的配体脱离问题?

15.如何在GROMACS中选择合适的力场?

16.GROMACS模拟时如何选择模拟对象，例如是否需要包含整个异源多聚体蛋白?

17.如何在GPU上运行GROMACS以提高模拟速度?

18.GROMACS模拟时如何设置正确的模拟环境和条件?

19.GROMACS模拟中如何处理模拟盒子的构建和溶剂添加?

20.如何在GROMACS中添加离子以及进行电荷中和?

21.GROMACS模拟中如何进行能量最小化?

22.如何在GROMACS中进行温度和压力的调控?

23.GROMACS模拟中如何进行轨迹文件的转换和分析?

24.GROMACS模拟中如何计算RMSD(均方根偏差)?

25.如何在GROMACS中创建和使用索引组?

26.GROMACS模拟中如何处理周期性边界条件?

27.如何在GROMACS中进行模拟的重启和继续?

28.GROMACS模拟中如何控制模拟的长度和时间步长?

29.GROMACS模拟中如何进行模拟的并行化处理?

30.GROMACS模拟中如何进行模拟结果的可视化?

31.GROMACS模拟中如何处理模拟过程中的异常中断和错误?

32.如何在GROMACS中进行自由能计算?

33.GROMACS模拟中如何进行溶剂模型的选择和设置?

34.GROMACS模拟中如何进行多尺度模拟?