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Gromacs基于OPLS-AA力场的聚合物建模及模拟
本文内容包括：1.OPLS-AA力场简介/高分子模拟常用力场；2.聚合物建模方法；3.Gromacs添加非标准残基建模聚合物的方法；4.聚合物PDB文件生成；...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
740
水结冰模拟及TIP4PICE水模型使用
以下文章来源于网络，如有侵权,请联系管理员删除!本教程内容适用于Gromacs，包括：1.TIP4P/ICE水模型导入方法；2.冰水建模；转换TIP3P(SPC/E)...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1387
Gromacs结合自由能计算教程（一）
以下文章来源于网络，如有侵权,请联系管理员删除!分子模拟的一大用途就是对体系的平衡态进行模拟采样得到体系的某些热力学数据，其中的自由能...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1040
Gromacs结合自由能计算教程（二）
以下文章来源于网络，如有侵权,请联系管理员删除!如何计算自由能？续上回讲到的，上一章简要介绍了自由能计算的相关背景与炼金术热力学途径。...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1315
Gromacs结合自由能计算教程（三）
以下文章来源于网络，如有侵权,请联系管理员删除!一、准备拓扑文件对于一个有一定经验的分子模拟工作者而言，应该知道如何准备拓扑文件。如果...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1088
Gromacs结合自由能计算教程（四）
以下文章来源于网络，如有侵权,请联系管理员删除!本教程使用的分析脚本文献：JComputAidedMolDes(2015)29:397.https://doi.org/10.1007/s1082...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1498
Gromacs如何调用GPU加速计算
一、单节点使用多块GPU我拥有1个节点cn01，每个节点配有一块CPU（6核），两块GPU。启用1个mpi进程1个GPUmpirun-n1gmx_mpimdrun-ntomp6-gpi_id...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
618
ubuntu-win-双系统安装包及教程
对于GROMACS用户来说，linux系统是必备的。那么如何轻松又快速的安装linux系统呢，下面给大家总结了方法。为什么不推荐大家安装虚拟机来安装l...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1940
GROMACS模拟基础上线啦！
GROMACS模拟基础之补全缺失氨基酸或原子本次课程全面深入的讲解了多种补全缺失氨基酸和缺失原子的方法。课程目录第一节：如何补全氨基酸缺失的...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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生成小分子力场TOP（ITP）文件(四)：生成charmm力场
Charmm力场介绍和安装Charmm力场由哈佛大学MartinKarplus教授（MartinKarplus教授2013年诺贝尔化学奖得主）所建立发展的。此力场可应用于研究...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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