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生成小分子力场TOP（ITP）文件(三)：生成Amber(GAFF)力场
1、使用Gaussian和AmberTools工具1.1用GaussView建立分子结构图，保存为gjf文件，然后用高斯优化其分子结构。计算方法和基组根据分子特点以及...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
979
GROMACS之重启计算任务+续跑
模拟过程中机器意外断电怎么办？觉得模拟时间短想延长模拟时间怎么办?别急，请看下面内容。GROMACS模拟程序在模拟过程中，mdrun按照mdp文件在...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
527
TOP文件解读
非键参数非键参数包括vanderWaals参数V(c6或σ,由组合规则决定)和W(c12或ϵ),它们列在ffnonbonded.itp文件中,其中的ptype是粒子类型[*type]指...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
693
Packmol的使用-构建分子动力学初始结构
以下文章来源于网络，若有侵权联系删除。Packmol简介Packmol是一个免费的、很有价值的构建分子动力学模拟初始结构的工具，非常流行。简单来说...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1079
GROMACS各种文件格式介绍
CPT文件：该文件为模拟断点文件（checkpoint，.cpt）。该文件为模拟过程固定时间间隔产生，保存模拟系统所有信息。该文件一部分可以在能量文件...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1258
GROMACS如何使用其他水模型
进行分子动力学模拟，水分子十分重要，除非选择使用连续介质模型（implictitwatermodel）。水分子模型较多，选择这些模型要结合使用的力场，并...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
2055
GROMACS中添加CHARMM力场
CHARMM力场提供了很多生物分子的力场参数，如蛋白质、脂质、核酸等，Gromacs中自带了CHARMM27力场，当然也可在Gromacs官网上下载到已转换成Gr...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1038
GROMACS分析命令（一）：eneconv能量合并以及分析
GROMACS有一个非常重要的能量输出文件，即edr文件。eneconv就是对GROMACS能量输出文件进行处理的程序。一个模拟可以分对次进行，于是得到很多...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
323
GROMACS分析命令（二）：do_dssp计算蛋白二级结构
GROMACS程序调用第三方软件DSSP，从轨迹文件中读出蛋白质的二级结构信息。要使用该程序，必先安装好DSSP软件。安装DSSP完毕后(/home/user/sof...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
618
Gromacs联用GAFF力场处理水溶剂下小分子动力学
与GROMACS偏重生物大分子模拟的力场不同，AMBER支持很多方便处理有机小分子的力场，如GAFF力场，简单而又有不错的精度，适合处理有机小分子；...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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