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利用MS计算水分子的径向分布和扩散系数

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1.建立初始结构

(1)建造一个的水分子

运行MS,新建一个Project命名为water molecular。打开一个新的xsd文档命名为H2O.xsd。在工具栏选择Sketch Atom工具绘制一个水分子,如下图所示。然后点击Clean工具修正得到合理的几何构象。

(2)建造多分子水的无定型体系

选择菜单栏Modules上的Amorphous Cell,在下拉列表中选择Construction,打开Amorphous Cell Construction对话框。点击Add按钮将水分子添加到体系中,单击Constituent molecules栏中Number下的数字,设为500。相应的,温度298K;Number of configurations填1;Cell type选Periodic cell(设置体系含有周期性边界条件);水密度0.997g/cc。在Setup选项卡中,选用Compass力场;Job description可设置任务名称。




点击Construct开始构建,在Project explorer中出现了一个新的名为Sketch 1 AC Constr的文件夹。计算结束后产生一个包含500个水分子无定形体系的轨迹文档Sketch 1.xtd,如下图。


1.动力学模拟

(1)优化体系

构建好的水分子无定形体系需要用Discover模块中的Minimizer对其进行优化,打开Discover Minimizer对话框相关设置如下图,然后点击Minimize按钮开始优化。

优化结束后,会在Project Explorer中创建了一个新目录Sketch 1 Disco Min,当任务完成时,最小化的结构会被存放到这个新目录下。


(2)动力学模拟

用Discover模块中的Dynamics对体系进行平衡计算,打开Discover Molecular Dynamics对话框,下图所示。Ensemble(系综)下拉列表选择NPT,Temperature为298K,温度控制方法选择为Nose,压力为0.0001Gpa,压力控制方法为Berendsen,步数设为10000,时间步长为1fs,Save下拉列表中选择Full,Frame output every处设为200steps(每200步输出一次体系构型文件)。点击Run开始运行,运行结束后会自动产生一个Sketch 1 Disco Dynamics文件夹,里面包含Sketch 1.xtd文档。

1.进行水分子径向分布函数及扩散系数分析

激活Sketch 1 Disco Dynamics文件夹里面的Sketch 1.xtd文档,按住Alt键双击其中一个H原子即选中所有水分子中的H,在菜单栏Edit下拉菜单中选Edit Sets,打开Edit Sets对话框,按New按钮将所有H原子命名为H;用同样的方法将体系中的O原子命名为O;按Ctrl+A选中所有水分子命名为H2O。设置完成后,就可以对水分子进行分析了。

(1)径向分布函数

在工具栏Discover下拉列表选择Analysis,打开Discover Analysis对话框。在窗口菜单中选中Structural目录下的Pair correlation function(径向分布函数),点击按钮Define,打开Trajectory Specification(Discover)对话框,点击Add to list,添加命名后的水分子轨迹文件,关闭对话框。回到Discover Analysis,在Choose sets中在第一个下拉框选择H,第二个下拉框选择O,如下图所示。设置完成后,点击Analyze按钮开始进行分析。


运行��束后会自动产生一个Sketch 1 Disco Pair correlation function文件夹,激活该目录下的Sketch 1.xcd文档。可以看到图中有九条g(r)曲线,其中aa、ab、bb分别表示H-H、H-O、O-O;total、intra、inter分别表示分子内和分子间总的g(r)、分子内g(r)、分子间g(r)。右击图像,在快捷菜单中选择Delete Graphs,选中所有total和intra项,点击Delete。剩下的就是分子间H-H、H-O、O-O的径向分布函数,如下图。


上图给出了水分子中各原子对径向分布函数。O-O 径向分布函数在0. 275 nm处出现最高峰值,表示由于氢键相互作用下中心水分子与最近邻水分子间氧氧距离;O-H 径向分布函数在0. 175 nm 和0. 325 nm 处均出现峰值,这分别是有氢键作用和无氢键作用的O-H 距离;H-H 径向分布函数在0. 245 nm 和0.465nm处出现峰值。

0.275;0.175,0.325;0.245,0.475

0.265;0.175,0.325;0.235,0.475


(2)扩散系数

因为MS软件中无法直接对轨迹文件求出体系的扩散系数,但是可以通过分析均方位移(MSD)来间接求出体系的扩散系数:即均方位移曲线斜率的六分之一就是体系的扩散系数。

在刚才的Discover Analysis对话框中,选择Dynamic目录下的Mean squared displacement (均方位移),点击Define,再点击按钮Add to list,添加命名后的水分子轨迹文件,关闭该对话框。回到Discover Analysis,在Choose sets中选中H2O,如下图所示。然后点击Analyze开始分析。


运行结束后会自动产生一个Sketch 1 Disco Mean squared displacement文件夹,激活里面包含Sketch 1.xcd文档。右击图形,选择Delete Graphs,可将X,Y,Z方向的MSD图像删除,留下我们需要的图像,如下图。

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首次发布时间:2020-10-06
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