Gromacs-2023的CPU+GPU版安装方法

2023年，Gromacs推出了2023版本，其相较于以前的版本有了较大的更新，以及修复了很多bug。主要亮点如下：

1. 全局通信频率不再依赖于nstlist,因此GPU加速提升

2. PME分解已经可以支持到CUDA后端，即可以设置-npme和环境变量GMX GPU_PME DECOMPOSITION，实验性质谨慎使用

3. CUDA Graphs能够降低GPU的启动时间，较少CPU和GPU之间的调度开销。设置环境变量GMX CUDA GRAPH可开启该功能

4. gmx do_dssp不需要外部dssp程序了，GMX已经内置的该程序

5. gmx api的一些改进

最重要的一点为分析蛋白二级结构的功能gmx do_dssp不需要外部dssp程序了。

下面介绍该版本的安装方法：

1. 环境配置

安装2023版本需要gcc、g++版本为9.0以上，可根据自己机器环境自行安装。

2. 需要CMake版本3.18.4或更高版本

在http://www.cmake.org/cmake/resources/software.html下载cmake包，然后解压，进入其目录，运行

./bootstrap --prefix=/yourpath/cmake -- -DCMAKE_USE_OPENSSL=OFFmake -jmake install

该软件即被安装在了/yourpath/cmake目录（更换为自己的安装路径）。在~/.bashrc里加入

export PATH=$PATH/yourpath/cmake/bin

重新进入终端后，即可使用。

3. 安装FFTW（此步可省略）

在http://www.fftw.org下载最新fftw安装包。

解压，进入目录后运行：

./configure --prefix=/yourpath/fftw --enable-sse2 --enable-avx --enable-float --enable-sharedmake install -j

该软件即被安装在了/yourpath/fftw目录。如果CPU相对较新，支持AVX2指令集，可再加上--enable-avx2选项以获得更好性能。

4. 安装GROMACS-2023的CPU版本

在下面的网址下载2023版本的gromacs：

https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2023.tar.gz

解压软件：

tar -zxvf gromacs-2023.tar.gz

进入gromacs-2023目录后，依次运行下面命令：

mkdir buildcd buildexport CMAKE_PREFIX_PATH=/yourpath/fftw           #手动安装fftw时候需要指定cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/yourpath/gromacs-2023 make -jmake install -j

安装完成之后打开~/.bashrc文件，在末尾加入

source /yourpath/gromacs-2023/bin/GMXRC，

然后保存，重启中断即可使用。

上诉fftw可以不用手动安装，可以让gromacs自动下载编译，仅需在cmake命令额外添加下面一项参数即可：

-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON

5. 安装GROMACS-2023的GPU版本（CUDA）

自行安装好显卡驱动以及CUDA toolkit之后，仅需在cmake命令额外添加下面一项参数即可：

-DGMX_GPU=CUDA -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda

注：若cuda不是安装在/usr/local/cuda，需要自行更改路径为cuda路径，可使用 which nvcc 命令查看具体路径。